Prof. Marek Gorgon uzyskał tytuły magistra (1988), doktora (1995) oraz doktora habilitowanego (2007) na Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie. Od 1994 roku nieprzerwanie związany z Wydziałem Automatyki i Robotyki AGH, obecnie zatrudniony jako profesor zwyczajny. Odbył staże naukowe na kilku uczelniach europejskich, m.in. w Niemczech, Włoszech, Danii i Portugalii.

Od 2020 roku pełni funkcję Prorektora ds. Nauki AGH, kierując wcześniej Katedrą Automatyki i Robotyki. W latach 2012–2020 był członkiem Senatu Akademii Górniczo-Hutniczej.

Jego zainteresowania naukowe obejmują: przetwarzanie obrazów, współprojektowanie software–hardware, urządzenia rekonfigurowalne, systemy wbudowane oraz aplikacje. Skupia swoje badania na architekturze systemów wizyjnych, ze szczególnym naciskiem na systemy czasu rzeczywistego oraz rekonfigurowalne architektury FPGA.

Jest członkiem Komitetu Automatyki i Robotyki Polskiej Akademii Nauk oraz międzynarodowego zespołu badawczego w ALICE High Energy Physics Experiment przy Europejskim Ośrodku Badań Jądrowych CERN (Genewa, Szwajcaria). Należy do licznych towarzystw naukowych i komitetów sterujących międzynarodowych konferencji naukowych w swojej dziedzinie (FPL, ARC, DASIP). Jest także członkiem Senior Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE). Napisał dwie monografie naukowe oraz ponad 250 publikacji.