Od 2024 roku prof. Piotr Młynarz pełni funkcję Prorektora ds. Organizacji i Infrastruktury na Politechnice Wrocławskiej. W latach 2020–2024 sprawował urząd dziekana Wydziału Chemicznego tej uczelni – jednego z największych wydziałów chemicznych w Polsce, który w wyniku ewaluacji uzyskał kategorię naukową A+. Wcześniej, w latach 2012–2020, pełnił funkcję prodziekana tego samego wydziału, odpowiadając m.in. za rozwój współpracy z przemysłem. Jest członkiem Rady Naukowej Instytutu Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu, współzałożycielem i członkiem zarządu Polskiego Towarzystwa Metabolomicznego oraz członkiem zarządu Wrocławskiego Towarzystwa Naukowego. Należy również do Polskiego Towarzystwa Chemicznego oraz Polskiego Towarzystwa Biochemicznego. Jego działalność naukowa koncentruje się na bioanalityce i jej zastosowaniach w diagnostyce medycznej, biotechnologii oraz naukach chemicznych i biologicznych. Prof. Młynarz jest współautorem ponad 120 recenzowanych publikacji naukowych oraz 11 zgłoszeń patentowych. Uczestniczył w realizacji projektów finansowanych przez NCN, MNiSW oraz NCBR.